La misión de CARBIO es generar y agregar valor sustentable para el sector económico de la producción argentina de biocombustibles, mediante el análisis de la problemática del sector y elaboración de soluciones adecuadas, a nivel público y privado, fomentando el conocimiento y acciones de responsabilidad social empresaria.

Facilitará la innovación tecnológica y la competitividad del sector, perfeccionamiento y normalización de la actividad a nivel nacional e internacional, a través de las relaciones con otras entidades nacionales e internacionales.

Privilegiará la búsqueda de consensos para la generación de un mercado sustentable y rentable y su inserción internacional, optimizando el empleo, la inversión y la capacidad de generación de valor agregado nacional.